تتخذ مؤسسة مركز الخليج للأبحاث,مكتب جنيف التابع لمركز الخليج للأبحاث مقراً لها. وتعمل مؤسسة مركز الخليج للأبحاث -وهي مؤسسة مسجلة ومرخصة في سويسرا- على تنسيق جميع الجهود البحثية لمركز الخليج للأبحاث بتوجيه من مجلس إدارته، فضلاً عن أنها الجهة المسؤولة عن أنشطة جمع التبرعات في مركز الخليج للأبحاث. وفي عام 2011، مُنحت مؤسسة مركز الخليج للأبحاث صفة المركز الاستشاري الخاص لدى المجلس الاقتصادي والاجتماعي التابع للأمم المتحدة.